Die neue Wendelinuskapelle wurde in den Jahren 1985/1986 nach heftigen Diskussionen an dem jetzigen Standort an der Johannes-Obernburger-Schule errichtet.
Der Neubau war erforderlich, weil das Landesamt für Denkmalpflege den Abriss der alten Wendelinuskapelle nur mit der Auflage genehmigte, dass eine neue Kapelle gebaut wird. Die alte, im gotischen Baustil erbaute Kapelle stand an der Einmündung des Oberen Neuen Weges in die Miltenberger Straße und war zu einem Verkehrshindernis geworden. Der Abriss erfolgte am 5. November 1969 durch die Obernburger Firma Heinz Schlett. Verschiedene noch erhaltene Bauteile der Kapelle wurden asserviert. Es war geplant, diese evtl. bei einem Neubau wieder einzubauen. 
Im Jahre 1985 erhielt der Obernburger Architekt Anton Fischer von der Kirchenverwaltung den Auftrag, einen Plan für den Neubau zu erstellen. Nach Vorliegen des Planes wurden die anfallenden Baukosten auf ca. 250 000 DM geschätzt. Der Spatenstich durch den damaligen Pfarrer Wendelin Lieb erfolgte am 20.10.1985. Für die Durchführung der Arbeiten wurden verschiedene Obernburger Firmen beauftragt.
Erfreulicherweise gründete sich eine Helferschar, die einen enormen Beitrag an Eigenleistungen erbrachte. Der Initiator dieser freiwilligen Helfer war der im Jahre 1995 verstorbene Otto Spilger sen. Er war ein unermüdlicher und begeisterter Förderer des Neubaus. Otto Spilger war es auch, der einen erheblichen finanziellen Beitrag leistete. 
Die neue Kapelle steht in der Flurgemarkung Flachsäcker“, ca. 200 m nördlich der Johannes- Obernburger-Schule. Das markante Bauwerk ist 12 mal 12 m breit, ca. 8 m hoch und hat eine pyramidenähnliche Form. Die gesamte Dachkonstruktion und die Abdeckung aus Kupfer ruht auf vier Gratsparren, die nach oben hin sternförmig zusammenlaufen.
Auf dem Dachfirst befindet sich der Dachreiter, welcher bereits auf dem Dach der alten Kapelle befestigt war.
Besonders markant ist eine mit Blattgold versehene Darstellung des hl. Wendelin als Wetterfahne.
Die aus Beton gegossenen Seitenwände sind innen und außen mit roten Buntsandsteinplatten verblendet. Der Haupteingang befindet sich an der Nordseite zum Salztrögweg hin. Zum Eingang führt ein 2 m breiter und 22 m langer Sandsteinplattenweg. An der Rückseite nach Süden ist in der großflächigen Fensterfront eine zweiflügelige Türe eingebaut. Bei Bedarf wird diese geöffnet und gibt den Weg auf die ca. 18 qm große Terrasse frei. Von hier aus ist bei guter Sicht ein herrlicher Blick in das Maintal und über die Höhen des Spessarts sowie des Odenwaldes möglich.
Auf der Terrasse befindet sich an der Ostseite der Außenwand eine 65 mal 117 cm große Sandsteinplatte. In diese hat die Obernburger Steinmetzin Susanne Klug eine Abbildung des hl. Wendelin eingemeißelt. In der rechten Hand hält der Dargestellte den Hirtenstab und in der linken Armbeuge ruht ein junges Lamm. Zu seinen Füßen sind zwei weitere Schafe zu erkennen.
Unterhalb der Abbildung ist folgender Text zu lesen:
„ST. WENDELINUSKAPELLE
ERBAUT 1986“
Das Relief wird flankiert von zwei 117 cm hohen Rudimenten, die zuvor an einem gotischen Fenster in der alten Kapelle eingebaut waren.
Links neben dem Haupteingang im Inneren der Kapelle steht in einer von Richard Neeb gemauerten Nische eine Skulptur des hl. Wendelin. Diese Figur stand zuvor in der alten Kapelle und wurde von dem Malermeister H. Winker aus Eisenbach restauriert. Sie ist 85 cm hoch und zeigt den hl. Wendelin als einen jungen Edelmann in der Tracht eines Hirten.
Die dreieckige Kunstverglasung der Giebelfenster sowie eine Darstellung der alten Kapelle in der Fensterfront neben dem Haupteingang entstanden nach Entwürfen von Dr. Leo Hefner. Dieser gestaltete auch das Kreuz mit Korpus in der Bleiverglasung der Kreuzrose aus Buntsandstein (Durchmesser 70 cm), welche sich im Mauerwerk hinter dem Altartisch befindet. Der massive Altartisch und der danebenstehende Ambo sind aus Kiefernholz gefertigt. Sie stehen etwas erhöht und kommen deshalb besser zur Geltung.
Im weiteren Bereich des Altarraumes steht auf einem Sandsteinsockel eine 120 cm hohe eindrucksvolle Muttergottesfigur, die auf dem linken Arm das Jesuskind hält. Die farblich gestaltete Figur aus Lindenholz wurde in Oberammergau von dem Bildhauermeister Philipp Faistl gefertigt.
Zwischen der Madonna und dem Altar ist an zwei Sparren ein 120 cm hohes Holzkreuz mit einem 95 cm langen Korpus befestigt. Die holzfarbene Christusfigur wurde ebenfalls in Oberammergau geschnitzt. Die anfallenden Kosten für diese beiden Figuren übernahm freundlicherweise ein Obernburger Bürger, der nicht genannt werden will.
Im östlichen Bereich des Kapellenraumes befindet sich eine unterkellerte Sakristei. Von hier ist der Zutritt zur Toilette möglich. In der Kapelle sind 80 Sitzplätze vorhanden. Bei Bedarf können zusätzliche Sitzbänke aufgestellt werden, so dass ca. 100 Personen Platz finden.
Die Einweihung der neuen Wendelinuskapelle erfolgte unter großer Anteilnahme der Bevölkerung am 26. Oktober 1986 durch Domkapitular Heinz (Bild links). Nach der Einweihungsfeier trafen sich die Gläubigen in der Aula der Johannes-Obernburger-Schule zu einem Stehempfang.
Am 21. Oktober 2016 wurde ein abendlicher Gottesdienst aus Anlass des 30-jährigen Einweihungstages von Pfarrer Simon (Bild rechts im besonderen Gedenken an die Freunde, Förderer, Unterstützer und Helfer der Kapelle gefeiert.
Diesmal lud ein unbekannter Spender die Gläubigen zu einem Imbiss in die Salztrögstuben ein.
Karl Reichert