Seine Tätigkeit in Obernburg wurde allerdings durch die Kriegsereignisse – Michelbach verbrachte den Zweiten Weltkrieg an der Front und wurde schwer verwundet – und seine Gefangenschaft (1944-1948) in Russland unterbrochen. Erst 1948 kam er nach Obernburg zurück. Seine mehr als 2000 Schüler nahmen bedingt durch die Art und die vielen Talente Michelbachs viel für ihren weiteren Lebenweg aus seinem Unterricht mit.
Während sich seine Vorgänger Zink und Hußlein außerhalb des Schuldienstes mehr auf musikalischem Gebiet hervortaten, verlegte sich Josef Michelbach auf die geschichtliche Forschung und als ehrenamtlicher Mitarbeiter und Beauftragter des Landesamtes für Bodendenkmalpflege auf das Retten und Konservieren der archäologische Zeugnisse unserer Stadt. Bei den meisten Ausgrabungen der Fundstücke war Michelbach selbst dabei (wir, seine Schüler nannten ihn deshalb auch liebevoll „Scherweseppl“ = Scherben-Josef). Seinem Engagement war es zu verdanken, dass schon seit den dreißiger Jahren die Forderung nach einem städtischen Museum in der Öffentlichkeit wachgehalten wurde. Ein besonderer Verdienst von ihm war, dass man die wertvollen historischen Funde aus der Römerzeit nicht in auswärtige Museen brachte.
Krönung nach langjähriger Arbeit war dann 1955 die Eröffnung des „Römerhauses“, für dessen Entstehung die Entdeckung einer Grabstätte an der Miltenberger Straße auf dem Neubaugrundstück von Dr. Vits maßgeblich war. Durch die finanzielle Unterstützung dieses Förderers konnte Michelbachs lange gehegter Museumswunsch in Erfüllung gehen. Er hat aber nicht nur das Römermuseum eingerichtet, sondern er verfasste auch ein Büchlein über die Sammlung. Stets war Rektor Michelbach auch bereit, Wissenschaftler und Besucher durch das schmucke Museum zu führen und die einzelnen Funde zu erklären.
Doch nicht nur das Sammeln der Kulturschätze aus vergangenen Zeiten in mühevoller Kleinarbeit und die Sorge, die Funde vor Witterung und unsachgemäßer Behandlung zu schützen, waren Anliegen Michelbachs. Er erweckte und erhielt mit kurz gefassten und verständlichen Berichten bei den Bürgern das Interesse für das Geschichtliche. Seine informativen Abhandlungen waren damals in mehreren Zeit- und Festschriften zu finden. Unter anderem erstellte er auch 1957 eine Sammlung mit Fotografien und Beschreibungen der Bildstöcke im Obernburger Gemarkungsbereich.
Schon frühzeitig betätigte er sich als Organisator bei Umzügen und verwirklichte dabei seine Ideen. Das Apfelblütenfest ist in der Vergangenheit nicht zuletzt auf seine Initiativen hin zum größten Heimatfest des Untermains geworden. Auch das Johannes-Obernburger-Fest 1953 wurde von ihm organisiert.
Um seine Zeitgenossen für die Heimatpflege zu gewinnen, gründete Michelbach 1949 mit Gleichgesinnten den Heimat- und Verkehrsverein, für den er bis 1962 als Vorstand arbeitete. Viele Anregungen, die er dem Stadtrat, gleichsam als Sprachrohr des Vereins und der Bevölkerung, vorbringen konnte, fanden Verwirklichung. Für seine Verdienste wurde er daher zum Ehrenvorstand ernannt. Daneben war Rektor Michelbach auch beim Waldhausverein und beim Spessartbund Vorsitzender. Besonders erwähnt wird in alten Zeitungsberichten, dass sich Michelbach stets eine Neutralität bewahrt hat und im Umgang mit allen Kreisen ein gutes Einvernehmen hatte.
Malen war für Michelbach Liebhaberei. Über die Jahre erstellte Michelbach so eine umfangreiche Sammlung von Zeichnungen und Aquarellen der Schönheiten Obernburgs und dokumentierte durch seine Bildwerke heute nicht mehr vorhandene Ortsansichten, Gebäude und Landschaften.
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